تلتزم مؤسسة الآغا خان للخدمات التعليمية بتحقيق التميّز عبر ما تقوم به من تحسينات مستمرة لبرامجها وخدماتها وعملياتها. قد يكون تقديم التعليم المتميّز للطلاب أهم عامل في خلق مستقبل ناجح للأجيال القادمة التي يتعين عليها التعامل مع بيئة سريعة التغيّر. بالنظر إلى النظام ككل، تسعى مؤسسة الآغا خان للخدمات التعليمية إلى تحقيق الميزات الرئيسية التالية:

• السعي المتواصل لتحقيق التميّز في الممارسة التربوية والإدارة في بيئات تتسم بالتنوع ومليئة بالتحديات.

• تبني أساليب التدريس التي تركّز على الطفل.

• إعطاء اهتمام خاص لتعليم الإناث،

• تدريب المعلمين في المدارس.

وتشمل حالياً المبادرات الرئيسية الخاصة بالنظام ما يلي:

• إدخال أجهزة الكمبيوتر، والتعلم عن بعد لمتابعة التدريس، والعمل على تحسين أساليب التعلم.

• تحسين البنية التحتية المادية، ولا سيّما في المدارس المجتمعية.

• تقديم تدريبات متطورة للمعلمين من خلال معهد التطوير التربوي بجامعة الآغا خان.

• تبني مبادرة التعليم في شرق إفريقيا لتسهيل التنسيق بين البرامج، وتحديد أفضل الممارسات والمبادرات التعليمية ذات الجودة العالية، إضافةً إلى النهوض بمستوى الحوار السياسي المتعلق بخصخصة المدارس، وتحسين تدريب المعلمين والاحتفاظ بهم، وتسريع الأساليب التعليمية اعتماداً على الكمبيوتر.

• تطوير البرامج المتعلقة باللغة الإنجليزية والاقتصاد في جامعات مختارة في آسيا الوسطى من خلال مؤسسة الآغا خان للخدمات التعليمية.

• التعاون مع إحدى المدارس الخاصة الرائدة في الولايات المتحدة الأمريكية، مثل "أكاديمية فيليبس، أندوفر" لتحسين برامج مؤسسة الآغا خان للخدمات التعليمية في مجالات العلوم والرياضيات والاقتصاد واللغة الإنجليزية والتكنولوجيا.